酶原因子IX是一种单链维生素k依赖性糖蛋白，在肝脏中合成。因子IX的结构域结构与其他依赖维生素K的凝血因子相似。nh2末端区域含有12个g-羧基谷氨酸(玻璃)残基，促进因子IX钙依赖性结合到带负电荷的磷脂表面。两个与表皮生长因子(EGF)同源的结构域横跨nh2末端玻璃结构域和激活肽(Ala-146至Arg-180)之间的区域。因子IX可由因子XIa或因子VIIa/组织因子/磷脂复合物激活。在A位点裂解产生中间的IXa，随后在b位点裂解转化为完全活性形式的IXab。nh2末端轻链(GLA和EGF结构域)通过二硫键与cooh末端重链共价连接。丝氨酸蛋白酶催化三联体(Ser-365, His 221, Asp-269)位于重链上。因子IXab是“内在因子Xase复合物”(因子VIIIa/IXa/Ca2+/磷脂)的催化成分，其蛋白水解激活因子X到因子Xa。人因子IX是通过结合常规程序(4)和免疫亲和层析从新鲜冷冻血浆中制备的。牛因子IX是通过对Fujikawa等人描述的方法的改进从新鲜柠檬酸牛血浆中制备的。小鼠因子IX也从新鲜小鼠血浆中分离出来。纯化后的蛋白质以50% (vol/vol)甘油/H2O的液体供应，并应储存于-20℃。纯度由SDS-PAGE分析确定，活性采用因子IX凝血试验测定。
